羊肚菌的菌種性能與其它食用菌不同，菌種分離方法和育種手段及栽培管理技術(shù)與其它食用菌也有很大差異
。缺點(diǎn)就是容易退化、變異、生霉。這對(duì)栽培羊肚菌帶來(lái)很大困難。對(duì)此，首先要控制菌種傳代，無(wú)論母種、原種、栽培種，若違反技術(shù)要求，多傳一代就會(huì)出現(xiàn)上述不良反應(yīng)或不長(zhǎng)子實(shí)體。母種只能經(jīng)過(guò)原種栽培種，到栽培中的一次流程和3次破繭愈合才能保住質(zhì)量;若超過(guò)3次菌絲斷裂而重新萌發(fā)的新菌絲，會(huì)失去或降低酶的分解作用，一致抗病力差，易生雜菌，不出菇。
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